如果发现种子存在违规行为，可以采取以下措施：
向相关部门投诉
可以向县级以上人民政府农业、林业行政主管部门或者工商行政管理机关投诉。
投诉要求应合理合法，不可夸大事实，也不要隐瞒自己在使用中的不当行为，否则会难以及时解决。
申请调解或提起诉讼
包括侵犯植物新品种权纠纷可以请求调解或者提起诉讼。
植物新品种申请权纠纷和植物新品种权权属纠纷可以提起诉讼。
收集证据
在投诉或诉讼前，应尽量收集相关证据，如购买种子的凭证、种子包装和标签的复印件、使用过程中的损失记录等，以支持自己的主张。
通过仲裁机关仲裁
如果双方同意，也可以通过仲裁机关进行仲裁，仲裁结果具有法律效力。
注意法律责任
生产、经营假、劣种子的，由县级以上人民政府农业、林业行政主管部门或者工商行政管理机关责令停止生产、经营，没收种子和违法所得，吊销种子生产许可证、种子经营许可证或者营业执照，并处以罚款；有违法所得的，处以违法所得5倍以上罚款；没有违法所得的，处以2000元以上50000元以下罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
遵守法律法规
种子生产经营者应严格遵守《中华人民共和国种子法》及相关法律法规，确保种子的质量和合法性，避免因违法行为而受到处罚。
通过以上措施，可以有效地维护自己的合法权益，并促进种子市场的规范有序。
