个人所得税制度存在的问题主要包括：
外籍人员税务问题
短期来华工作的外籍人员流动性大，逗留时间短，代扣代缴难度大。
外商投资企业负责人和财务负责人为外籍人员，语言不通，对中国税法不熟悉，代扣代缴存在困难。
部分外籍人员在多处取得收入，对未达起征点的收入不主动申报，税务机关难以稽核。
来源于中国境外支付的部分，若外籍纳税人不主动申报，其工作单位无法实现代扣代缴。
企业税务问题
企业发放实物补贴，如体检卡、组织旅游等，未代扣代缴个人所得税。
企业通过报销发票形式列支员工津贴补贴，未代扣代缴个人所得税。
企业发放免税项目补助，如误餐补助、差旅费补助等，未代扣代缴个人所得税。
企业多次使用优惠计税方法，如年终一次性奖计税办法，少扣缴个人所得税。
企业虚构或虚增员工，降低在职人员工资薪金，少代扣代缴个人所得税。
企业让他人虚开发票，以其他名义列支成本费用，隐瞒工资薪金支出，少代扣代缴个人所得税。
企业对不经常发生的支付项目，如租金、利息、劳务报酬等，未扣缴个人所得税。
税制设计问题
征收模式不科学、税率设计不合理、费用扣除标准缺乏弹性。
纳税意识问题
公民纳税意识淡薄，存在偷税和漏税现象。
货币体外循环和现金帐外循环，给个税征管工作带来困难。
执法力度不足，对偷逃个人所得税的行为少有媒体曝光。
其他问题
居民纳税人和非居民纳税人划分不清，导致征税范围和计税方式不正确。
非居民纳税人境内所得未照章缴税。
提供著作权错按稿酬所得计税，利息、股息、红利所得错按工资薪金所得计税。
个人承包承租对经营成果不具有所有权，依然按照经营所得纳税。
以上问题反映出个人所得税制度在实施过程中存在多方面挑战，需要进一步完善和改进
